Projekt Gradienti in biodiverziteta: flora, favna in vegetacija Trajanje projekta: 1. januar 2009–31. december 2012 Šifra: P1-0236
Program Slovenski jezik v sinhronem in diahronem razvoju Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Šifra: P6-0038
Projekt Konstruiranje pajčje mreže preko madagaskarskih rek: nenavadna pajčevina gigantskih mrež Trajanje projekta: 1. januar 2009–31. december 2010 Šifra: 8655-09
Projekt Kraški sedimenti: orodje za rekonstrukcijo tektonskega in geomorfnega razvoja kraških področij (na zgledih s kraških ozemelj Slovenije) Trajanje projekta: 1. januar 2009–31. december 2010 Šifra: BI-CZ/09-10-008
Program PROGRAM: Arheološke raziskave (2009−2014) Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Šifra: P6-0064
Program DEDI II Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2010 Vodja programa: Daniel Vladušič, Xlab d.o.o.
Projekt Znanstveno tehnološko sodelovanje Slovenije z republiko Bolgarijo Trajanje projekta: 1. januar 2009–30. junij 2011 Vodja projekta: Mila Santova
Projekt INCOME - Učinkovito upravljanje onesnaženih vodonosnikov - povezava postopkov za odkrivanje in nadzor virov onesnaženja ter ukrepov za izboljšanje stanja Trajanje projekta: 1. januar 2009–30. junij 2012 Vodja projekta: dr. Brigita Jamnik
Projekt Socialistična dediščina v primerjalni perspektivi Trajanje projekta: 1. januar 2009–31. december 2010
Projekt ArchaeDyn II - Prostorska dinamika teritorijev od prazgodovine do srednjega veka Trajanje projekta: 1. januar 2009–31. december 2011 Vodja projekta: dr. François Favory in dr. Laure Nuninger, oba Univerza Franche-Comté (Francija)