Program Raziskovanje krasa Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Vodja programa: dr. Tadej Slabe Šifra: P6-0119
Projekt Znanstveno tehnološko sodelovanje Slovenije z republiko Bolgarijo Trajanje projekta: 1. januar 2009–30. junij 2011 Vodja projekta: Mila Santova
Projekt Kraški sedimenti: orodje za rekonstrukcijo tektonskega in geomorfnega razvoja kraških področij (na zgledih s kraških ozemelj Slovenije) Trajanje projekta: 1. januar 2009–31. december 2010 Šifra: BI-CZ/09-10-008
Program PROGRAM: Arheološke raziskave (2009−2014) Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Šifra: P6-0064
Program Etnološke in folkloristične raziskave kulturnih prostorov in praks Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Vodja programa: prof. ddr. Marija Stanonik Šifra: P6-0088-0618-04
Program DEDI II Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2010 Vodja programa: Daniel Vladušič, Xlab d.o.o.
Projekt ArchaeDyn II - Prostorska dinamika teritorijev od prazgodovine do srednjega veka Trajanje projekta: 1. januar 2009–31. december 2011 Vodja projekta: dr. François Favory in dr. Laure Nuninger, oba Univerza Franche-Comté (Francija)
Projekt INCOME - Učinkovito upravljanje onesnaženih vodonosnikov - povezava postopkov za odkrivanje in nadzor virov onesnaženja ter ukrepov za izboljšanje stanja Trajanje projekta: 1. januar 2009–30. junij 2012 Vodja projekta: dr. Brigita Jamnik
Projekt Socialistična dediščina v primerjalni perspektivi Trajanje projekta: 1. januar 2009–31. december 2010
Program Temeljne raziskave slovenske kulturne preteklosti Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Šifra: P6-0052 (A)