Projekt Srbi v Sloveniji, Slovenci v Srbiji. Raziskava etnoloških vprašanj in spoznavanje strokovnih usmeritev Trajanje projekta: 1. januar 2006–31. december 2007 Vodja projekta: Mladena Prelić Šifra: BI-RS/08-09-026
Projekt Filogenetika pajkov iz družine Nephilidae kot test antagonistične koevolucije spolov Trajanje projekta: 1. januar 2006–31. december 2008 Šifra: NEPHILID SPIDERS
Projekt Potrebe priseljenk in njihovo vključevanje v ostarelo družbo Trajanje projekta: 1. januar 2006–31. december 2007 Vodja projekta: dr. Charlote Höhn Šifra: SSP4-CT-2005-022355
Projekt Projekt SMART KARST: Mednarodna krasoslovna šola "Sonaravno upravljanje naravnih virov na krasu" Trajanje projekta: 1. december 2005–30. november 2009 Šifra: MSCF-CT-2005-029674
Projekt Triglavski ledenik kot pokazatelj podnebnih sprememb Trajanje projekta: 1. september 2005–31. avgust 2008 Vodja projekta: dr. Matej Gabrovec
Projekt Antropološka analiza izbranih antičnih arheoloških najdišč Slovenije Trajanje projekta: 1. september 2005–31. avgust 2008 Vodja projekta: dr. Petra Leben-Seljak Šifra: J6-7590
Projekt Zooarheološke raziskave eneolitskih najdišč v Sloveniji Trajanje projekta: 1. september 2005–31. avgust 2007 Vodja projekta: dr. Anton Velušček Šifra: Z6-7175-0618
Projekt Raziskave nosilcev ljudsko-kulturnih pojavov Trajanje projekta: 1. september 2005–31. avgust 2008 Šifra: J6-7005
Projekt Filogenija pajkov iz družine Nephilidae kot test antagonistične koevolucije spolov Trajanje projekta: 1. september 2005–31. avgust 2007 Šifra: Z1-7082-0618-05