Projekt Znanstveno tehnološko sodelovanje Slovenije z republiko Bolgarijo Trajanje projekta: 1. januar 2009–30. junij 2011 Vodja projekta: Mila Santova
Projekt ArchaeDyn II - Prostorska dinamika teritorijev od prazgodovine do srednjega veka Trajanje projekta: 1. januar 2009–31. december 2011 Vodja projekta: dr. François Favory in dr. Laure Nuninger, oba Univerza Franche-Comté (Francija)
Program DEDI II Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2010 Vodja programa: Daniel Vladušič, Xlab d.o.o.
Projekt Študij viabilnosti ameb in način njihovega prenosa v okolju: primer iz kraških jam Trajanje projekta: 1. januar 2009–31. december 2010 Šifra: BI-AT/09-10-023
Projekt Kraški sedimenti: orodje za rekonstrukcijo tektonskega in geomorfnega razvoja kraških področij (na zgledih s kraških ozemelj Slovenije) Trajanje projekta: 1. januar 2009–31. december 2010 Vodja projekta: Nadja Zupan Hajna Šifra: BI-UA/09-10-010
Projekt Geomorfološka in speleogenetska analiza razvoja kraških oblik Dinarskega in Krimskega krasa Trajanje projekta: 1. januar 2009–31. december 2010 Vodja projekta: dr. Andrej Mihevc Šifra: BI-UA/09-10-010
Program Raziskovanje krasa Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Vodja programa: dr. Tadej Slabe Šifra: P6-0119
Program Jezik, spomin in politike reprezentacije Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2012 Šifra: P6-0347
Projekt Preoblikovanje vzhodnih mej v Evropi: mreža raziskovanja družbenih, moralnih in materialnih re-lokacij evropskih vzhodnih periferij Trajanje projekta: 1. januar 2009–1. januar 2013 Vodja projekta: dr. Sarah Green Šifra: Eastbordnet
Program Etnološke in folkloristične raziskave kulturnih prostorov in praks Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Vodja programa: prof. ddr. Marija Stanonik Šifra: P6-0088-0618-04