Kataster jam, ki se v duplikatu vodi z Jamarsko zvezo Slovenije, obsega vse registrirane jame v Republiki Sloveniji (15.095 jam konec leta 2022). Papirna dokumentacija (opisi, načrti, fotografije...) se vodi v omarah, iz nje pa je izpeljana tudi digitalna podatkovna baza.
Kartografska zbirka obsega 54 enot, v njej je 6846 tiskanih kart in 5126 risanih kart, načrtov, skic in diagramov. Kataster vodnih objektov – B obsega 869 številk (1 tekoči meter), kataster površinskih oblik – C 525 številk (0,6 tm); kataster umetnih objektov – D (rudnikov, tunelov, vodnjakov in vrtin) 85 številk (0,1 tm), kataster predvojnega Istituto Italiano de Speleologia / Italijanskega speleološkega inštituta – VG pa 3700 številk (4 tm gradiva). Zapuščinski fondi bivših sodelavcev, ki vsebujejo tipkopise, rokopise, korekture, fotografsko in ostalo gradivo, obsegajo 41 tm, arhiv tajništva inštituta pa 68 tm. Navedeni podatki so iz leta 2021.
V muzeju je združenih sedem zbirk. Zbirka zemljevidov obsega zemljevide različnih vsebin in meril vse od 16. stoletja do sodobnosti. Večina gradiva se nanaša na slovensko ozemlje in sosednje dežele. Zbirka slik obsega razglednice in fotografije slovenskih krajev in pokrajin ter manjše število bakrotiskov. Zelo pomembna je zbirka atlasov, ki obsega številne izjemno redke primerke atlasov najbolj znanih svetovnih avtorjev in odseva razvoj upodobitev sveta skozi čas. Zbirka globusov obsega globuse različnih dimenzij in starosti ter redke globusne prikaze ozvezdij. Zbirka knjižnih del obsega publikacije, povezane z geografsko, kartografsko in zgodovinsko tematiko. Zbirka kartografskih in geografskih pripomočkov hrani orodja, ki so jih kartografi in geografi uporabljali za izdelovanje »klasičnih« zemljevidov pred uveljavitvijo digitalne kartografije ter zanimive geografske terenske pripomočke. Zbirka statističnih podatkov obsega statistično gradivo o Sloveniji in tematskih zemljevidih njenega ozemlja.
Povezava do Zemljepisnega muzeja.
V letu 2024 smo na inštitutu pričeli z urejanjem inštitutske fototeke, ki hrani negative, diapozitive, steklene plošče in fotografije v fizični obliki. Zbrali smo gradivo, ki so ga hranili sodelavke in sodelavci inštituta v svojih kabinetih ter ga pripravili za digitalizacijo. Obenem smo gradivo premestili v brezkislinske mape in škatle, ki preprečujejo razpadanje/staranje fotografij in so namenjene hranjenju negativov, pozitivov, stekla in fotografij v arhivih. Oblikovali smo tudi metapodatkovno bazo, ki je podlaga za objavo izbranih digitaliziranih fotografij v digitalnem repozitoriju. V skeniranje smo oddali večjo količino gradiva v treh serijah, digitalizirano gradivo pa smo uredili in shranili na mrežnem disku, ki avtomatsko izdeluje arhivske kopije dokumentov.