Projekt Veliki atlas sveta Trajanje projekta: 1. januar 2004–31. december 2004 Vodja projekta: mag. Aleš Pogačnik
Projekt Zdrava H2O zame Trajanje projekta: 1. januar 2005–31. december 2005 Vodja projekta: dr. Aleš Smrekar
Projekt Arheološke in dendrokronološke raziskave na Ljubljanskem barju Trajanje projekta: 1. julij 2001–30. junij 2004 Vodja projekta: dr. Anton Velušček Šifra: J6-3075
Projekt Zgodnje neagrarne naselbine kot prostor prenosa idej in znanja v srednjeveški Evropi Trajanje projekta: 1. januar 2007–31. december 2008 Vodja projekta: dr. Jiři Macháček
Projekt Računalniška arheološka podatkovna zbirka zgodnjesrednjeveških artefaktov Trajanje projekta: 1. maj 2006–30. april 2008 Vodja projekta: Prof. dddr. Andrej Pleterski
Projekt Ikonografske raziskave in vključitev slovenske umetnostne dediščine v informacijski sistem ICONCLASS Trajanje projekta: 1. julij 2007–31. december 2009 Vodja projekta: Dr. Ana Lavrič
Projekt Standardi in menjalne vrednosti v evropskih prazgodovinskih družbah Trajanje projekta: 1. januar 2008–31. december 2009 Vodja projekta: Estelle Gauthier (Laboratoire de Chrono-Ecologie, UMR CNRS 6565) Šifra: BI-FR/08-09-PROTEUS-011
Projekt Vzpostavitev in izvajanje monitoringa ciljnih vrst mehkužcev v letih 2010 in 2011 Trajanje projekta: 18. oktober 2010–15. november 2011 Šifra: 2511-10-250028