Program Jezikoslovnozgodovinske in sociolingvisitčne značilnosti misli o jeziku na Slovenskem med letoma 1607 in 1758 Trajanje programa: 1. februar 2008–30. januar 2010 Vodja programa: dr. Kozma Ahačič Šifra: Z6-0151 (B)
Projekt Slovensko-srbski politični odnosi v letih 1918-1941 Trajanje projekta: 1. september 2005–31. avgust 2007 Vodja projekta: Prof. dr. Oto Luthar Šifra: Z6-7038 (B)
Projekt Srednjeveški samostani in njihovi ustanovniki: politična ikonografija Andeških in Babenberžanov na primeru ustanovitve in umetnostne podobe kartuzije Jurklošter Trajanje projekta: 1. maj 2010–30. april 2012 Vodja projekta: Doc. dr. Mija Oter Gorenčič Šifra: Z6-3674 (B)
Projekt Glasbene memoralizacije vojne in upora v primerjalni perspektivi: Slovenija in Nemčija Trajanje projekta: 1. april 2017–31. marec 2019 Vodja projekta: dr. Ana Hofman
Projekt Nacionalne literature, Srednja Evropa, Evropa in svet: metodološki problemi primerjalne literarne vede z vidika slovensko-čeških razmerij Trajanje projekta: 1. maj 2003–1. maj 2005 Vodja projekta: Ivo Pospíšil (Masarykova univerza, Brno) Šifra: BI-CZ/04-05-005
Projekt Literarna teorija in primerjalna književnost (problemi in rešitve v češki in slovenski tradiciji ter kontekstih) Trajanje projekta: 10. maj 2001–10. maj 2003 Vodja projekta: Ivo Pospíšil (Masarykova univerza, Brno) Šifra: SLO-ČEŠKI 29/01–03
Projekt Zooarheološke raziskave eneolitskih najdišč v Sloveniji Trajanje projekta: 1. september 2005–31. avgust 2007 Vodja projekta: dr. Anton Velušček Šifra: Z6-7175-0618
Projekt Neraziskana latinska in nemška književnost v slovenskih deželah v dobi baroka Trajanje projekta: 1. julij 2011–30. junij 2013 Vodja projekta: dr. Luka Vidmar Šifra: Z6-4251 (B)
Projekt Islandski in slovenski kulturni svetniki Trajanje projekta: 29. september 2009–31. december 2010 Šifra: NFM-NFM-45/09
Projekt Primerjalne raziskave češkega in slovenskega literarnega polja v srednjeevropskem kontekstu Trajanje projekta: 1. januar 2007–31. december 2008 Šifra: BI-CZ/07-08-005