Program Literarnozgodovinske, literarnoteoretične in metodološke raziskave Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Vodja programa: dr. Marko Juvan Šifra: P6–0024 (B)
Projekt Ocena stanja populacij in habitatov ter predlog monitoringa za ogrožene vrste barjanski okarček (Coenonympha oedippus), močvirski tulipan (Fritillaria meleagris) in Loeselova grezovka (Liparis loeselii) na Ljubljanskem barju Trajanje projekta: 15. maj 2008–30. oktober 2009
Projekt Razvoj slovenske kulturne krajine: primerjava rezultatov analize fitolitov in peloda Trajanje projekta: 1. januar 2003–31. december 2005 Vodja projekta: dr. Alexandra Golyeva Šifra: SLO-RUS 18/03/04
Program Vključevanje pravnega izrazja evropskega prava v slovenski pravni sistem Trajanje programa: 1. januar 2004–31. december 2017 Vodja programa: Dr. Grega Strban Šifra: P5-0217
Projekt Nastanek kulturne krajine v Beli krajini in na Ljubljanskem barju Trajanje projekta: 1. julij 2002–30. junij 2004 Vodja projekta: doc. dr. Maja Andrič Šifra: Z6-4074-0618-03
Projekt Mitska krajina kot vir znanj o urejanju prostora Trajanje projekta: 1. maj 2009–30. junij 2010 Vodja projekta: dddr. Andrej Pleterski Šifra: BI-HR/09-10-029
Projekt Center za arhitekturo Krasa Trajanje projekta: 1. april 2009–29. februar 2012 Vodja projekta: Aleksandra Torbica
Projekt Relativna in absolutna kronologija mlajše kamene in bakrene dobe na prostoru severovzhodne Slovenije (temeljni raziskovalni projekt) Trajanje projekta: 1. julij 2011–30. junij 2014 Vodja projekta: ddr. Mitja Guštin (Univerza na Primorskem, Znanstveno-raziskovalno središče Kop… Šifra: J6-4243
Projekt "Inbreeding" in evolucijske slepe ulice: od populacijskih procesov do makroevolucijskih vzorcev Trajanje projekta: 1. januar 2007–31. december 2009 Vodja projekta: dr. Ingi Agnarsson Šifra: Z1-9799-0618-07