Projekt Gradienti in biodiverziteta: flora, favna in vegetacija Trajanje projekta: 1. januar 2009–31. december 2012 Šifra: P1-0236
Projekt Antropološka analiza izbranih antičnih arheoloških najdišč Slovenije Trajanje projekta: 1. september 2005–31. avgust 2008 Vodja projekta: dr. Petra Leben-Seljak Šifra: J6-7590
Projekt Rekonstrukcija paleookolja s pomočjo analize rastlinskih in živalskih mikrofosilov v kulturnih plasteh slovenskih arheoloških najdišč Trajanje projekta: 1. januar 2005–31. december 2007 Vodja projekta: Alexandra Golyeva Šifra: BI-RU/05-07-012
Projekt Dopolnjevanje in preučevanje virov in literature o slovenski izseljenski problematiki Trajanje projekta: 1. januar 1996–31. december 2000
Projekt Ekspertiza: Strategija za zdomce in izseljence Trajanje projekta: 1. januar 2000–31. december 2000
Projekt Filogenetska sistematika družine Zygiellidae in pomen za raziskave evolucije pajkov Trajanje projekta: 1. maj 2009–30. april 2012 Šifra: J1-2063
Projekt Podatkovna zbirka grobe rimske keramike kot temelj za analizo poznoantične poselitve v Sloveniji Trajanje projekta: 1. maj 2009–30. april 2012 Vodja projekta: dr. Slavko Ciglenečki Šifra: J6-2202
Projekt Learning Migration, Learning about Migration and Intercultural Relations in School and Teacher Training Trajanje projekta: 1. januar 2005–1. januar 2008
Projekt Informacijski sistem za arheološko dediščino Slovenije Trajanje projekta: 1. januar 2007–31. december 2009 Vodja projekta: dr. Janez Dular Šifra: J6-9033