Projekt ACUME 2 – Vmesniki med eksaktnimi znanostmi, literaturo in humanistiko Trajanje projekta: 1. januar 2007–31. december 2010 Vodja projekta: Vita Fortunati
Projekt SENT – Mreža evropskih študij Trajanje projekta: 1. oktober 2007–30. junij 2010 Vodja projekta: Federiga Bindi Šifra: 134461-LLP-1-2007-1-IT-ERASMUS-ENW
Projekt Slovenski izseljenci in Evropa v 19. in 20. stoletju Trajanje projekta: 1. januar 1996–31. december 2000
Projekt Slovenci v slovanskih deželah v 19. in 20. stoletju Trajanje projekta: 1. julij 1998–30. junij 2001
Projekt Jurska in kredna radiolarijska stratigrafija Južnih Alp v severozahodni Sloveniji: časovna opredelitev dinamike sedimentacijskih bazenov na robu Neotetide Trajanje projekta: 1. julij 2011–30. junij 2014 Vodja projekta: Špela Goričan Šifra: J1-4198 (C)
Projekt (Pre)oblikovanje spomina na prelomna obdobja v slovenski zgodovini 20. stoletja Trajanje projekta: 1. maj 2010–15. marec 2014 Šifra: J6-3627
Projekt Multikulturna dediščina in nacionalna država: primeri Prekmurja, Bele krajine in Primorske Trajanje projekta: 1. julij 2011–30. junij 2014 Šifra: J6-4301
Projekt Angažirana preteklost: socialno-antropološka analiza transformacij popularne glasbe na območju nekdanje Jugoslavije Trajanje projekta: 1. avgust 2013–31. julij 2016 Vodja projekta: dr. Rajko Muršič Šifra: J6-5557 (B)
Projekt Žvepleni izviri v Sloveniji s krasoslovnega vidika in njihova mikrobiota Trajanje projekta: 1. februar 2008–31. januar 2011 Šifra: J6-0152-0618-08
Projekt Informacijsko-tehnološka mreža za integriranje dolgoročnih ekoloških, biodiverzitetnih in socioekonomskih raziskav na krasu: LTER-Slovenija Trajanje projekta: 1. februar 2008–31. januar 2011 Šifra: J7-0546-0618-08